На 13 септември 1995 година се одржа Основачкото Собрание на Македонска берза АД Скопје. Основањето на Берзата беше реализирано со техничката помош на Британски фонд (British Know-How Fund), обезбедена преку Владата на Република Македонија. Во рамките на овој проект беше спроведена и обуката на првата генерација брокери. На 28 март 1996 година, во Република Македонија за прв пат заѕвони берзанското ѕвоно и се одржа првиот ден на тргување на Берзата. Почетокот на работата на Берзата го означи тогашниот Претседател на Република Македонија, г-динот Киро Глигоров. На Берзата се тргуваше два пати во неделата, во вторник и четврток. На 16 октомври истата година, Македонска берза беше примена како полноправна членка на Федерацијата на Евроазиски берзи. Во историјата ќе остане запишано дека Македонска берза АД Скопје ја основаа 19 правни лица, од кои 13 банки, 3 осигурителни друштва и 3 штедилници.
Позначајни моменти кои ја одбележаа Берзанската историја:
- Рекорден промет во првата година е остварен на 17.10.1996 година во износ од 5.521.816 денари.
- Новиот Закон за хартии од вредност и воведувањето на обврска за задолжително тргување на Берзата значително ја подобри берзанската динамика. На 9 ноември 1998 година, Македонската берза ја посети Неговото Височество Принцот од Велс. Берзата лансираше и своја веб-страница, а воведени беа и блок трансакции.
- Транскациите со акциите на РЖ Ладна Валавница Скопје, Цементарница Усје Скопје и Пивара Скопје „тежеа“ околу 3,7 милијарди денари или 78% од вкупниот промет во 1998 година.
- Во 1999 и 2000 година беше остварен вкупен промет од тргување со акции во државна сопственост во вредност од околу 4,4 милијарди денари преку 107 трансакции.
- На 25.04.2001 година се воведе електронско тргување на Берзата (системот беше обезбеден од Љубљанската берза). Со тоа престана тргувањето на берзанскиот паркет и започна нова етапа - тргување со помош на Берзанскиот електронски систем на тргување (БЕСТ).
- Во 2001 година беше извршена целосна дематеријализација на хартиите од вредност и започна со работа Централниот депозитар. Беше донесен и Законот за инвестициски фондови.
- Од 01.11.2001 година, Македонска берза започна со пресметување на Македонскиот берзански индекс (МБИ), кој беше составен од петте најликвидни акции на Берзата: Алкалоид Скопје, Европа Скопје, Комерцијална банка Скопје, Макпетрол Скопје и Топлификација Скопје. МБИ беше ценовен, непондериран индекс, кој, како прв берзански индекс во Република Македонија, ја изврши својата функција на воведување на агрегатен показател за квантифицирање на берзанските движења.
- Во 2002 година започна тргувањето на берзата со акциите на Топлификација и Алкалоид како први котирани компании. Следуваа други котации, за на крајот на 2002 година на официјалниот пазар на Берзата да бидат котирани 78 акционерски друштва, чија пазарна капитализација достигна 219 милиони евра. Беше котирана и првата емисија на обврзници за денационализација издадени од Република Македонија и започна тргувањето со т.н. државни конвертибилни сертификати.
- Берзата во 2002 година за прв пат ја издаде елктронската публикација „Факти за котирани компании“ во која се анализираат финансиските извештаи доставени до Берзата од страна на котираните компании.
- Од почетокот на 2005 година, Берзата започна со пресметување на новиот Македонски берзански индекс (МБИ10). МБИ10 го сочинуваа обичните акции на: Алкалоид Скопје, Топлификација Скопје, Комерцијална банка Скопје, Макпетрол Скопје, Скопски пазар Скопје, Стопанска банка Битола, Гранит Скопје, Македонијатурист Скопје, Европа Скопје и Охридска банка Охрид.
- Во 2006 година, Берзата започна да тргува секој ден во неделата. Вкупниот промет во 2007 година изнесуваше рекордни 682 милиони евра. Новиот индекс МБИ10, кој беше воведен во 2005 година, со базна вредност од 1.000 индексни поени достигна 10.057 поени. Едноставно, неколку години по ред, сите започнаа да зборуваат за Берзата или како што некои медиуми констатираа - се случи „македонската берзанска пролет“.
- Годишната Конференција на Македонската берза во периодот од 29-31 март 2007 година во Охрид, за прв пат беше меѓународна по својот карактер и беше место каде што се сретнаа околу 300 учесници од повеќе земји во регионот: Словенија, Хрватска, Србија, Црна Гора, Босна и Херцеговина, Бугарија, Грција, како и од Турција, Австрија, Финска, Англија и Словачка.
- Се воведе софтверска апликација СЕИ Нет како официјален и единствен начин на доставување на податоци од котираните друштва, се создаде нов пазарен сегмент Супер котација.
- Во текот на 2008 година општото ниво на цени на Берзата, мерено преку движењата на МБИ10, се намали за повеќе од 70%.
- Се воведе нова верзија на БЕСТ системот со имплементиран „ФИКС протокол“ (FIX protocol), како и новиот производ „БестНет аналитика“составен од три модули „Техничка анализа“, „Фундаментална анализа“ и „Мое портфолио“.
- По повод 15 годишнината од одржувањето на Основачкото Собрание на акционери на Македонска берза АД Скопје, на 14.09.2010 година, Берзата организираше Тркалезна маса насловена „Кризни и посткризни берзански перспективи“.
- Македонската берза АД Скопје основа свој Тренинг центар. Поставувањето на Тренинг центарот беше проект реализиран со поддршка на Европската банка за обнова и развој. Во тие рамки беше изготвен прирачникот за самостојно учење „Тргување со хартии од вредност”.
- Во 2013 година се воведе нов пазарен подсегмент на официјалниот пазар на Берзата – „Задолжителна котација”. На крајот на 2013 година на официјалниот пазар на Берзата беа котирани 116 акционерски друштва, чија пазарна капитализација достигна 1,6 милијарди евра.
- Централен настан на конференцијата во 2016 година беше пуштање во употреба на регионалната платформа СЕЕ Линк, преку која се поврзани Бугарската, Загребската и Македонската берза и која е поддржана од Европската банка за обнова и развој (ЕБОР). СЕЕ Линк платформата ќе помогне да се интегрираат домашните пазари на капитал со вкупна пазарна капитализација од 30 милијарди долари и ќе овозможи размена на налози за тргување за околу 400 акции котирани на трите берзи. Системот има за цел да се зголеми ликвидноста и да се подобри пристапот на инвеститорите и локалните брокери.