Во Октомври 1996 година Македонската берза беше примена за полноправна членка на Федерацијата на Евроазиски берзи (FEAS), а во 2005 година беше примена за дописна членка на Федерацијата на европските берзи (FESE).

Македонската берза има потпишано Меморандум за соработка со следните берзи:

• 2001 година со Љубљанската берза;
• 2002 година со Атинската берза;
• 2003 година со Белградската берза, Загребската и Бугарската берза;
• 2006 со Виенската берза;
• 2012 со Истанбулската берза.

Во декември 2007 година берзите од Белград, Скопје, Загреб и Љубљана потпишаа Меморандум за партнерство.

Во септември 2010 година Македонската и Бугарската берза потпишаа Договор за размена на податоци од тргувањето и нивно тековно објавување на берзанските веб страници. Со Договорот се предвидува на дневна основа, по завршување на тргувањето, да се разменуваат податоци за обемот на тргувањето по пазарни сегменти и финансиски инструменти, пазарната капитализација, движењето на главните берзански индекси и цените на определени хартии од вредност на двете берзи. Воедно, на дневно ниво на веб страниците (www.mse.mk и www.bse-sofia.bg)  ќе се пресметуваат и објавуваат повеќе финансиски показатели за 10-те најликвидни хартии од вредност на двата пазари. На овој проект се придружи и Белградската берза, што ќе овозможи дополнително регионално проширување на размената на берзански податоци.

Во 2016 година се пушти во употреба регионалната платформа СЕЕ Линк, преку која се поврзани Бугарската, Загребската и Македонската берза и која е поддржана од Европската банка за обнова и развој (ЕБОР). СЕЕ Линк платформата ќе помогне да се интегрираат домашните пазари на капитал  и ќе се овозможи размена на налози за тргување за околу 400 акции котирани на трите берзи. Системот има за цел да се зголеми ликвидноста и да се подобри пристапот на инвеститорите и локалните брокери. Во текот на годината кон СЕЕ Линк платформата се приклучија и Белградската берза, Љубљанската берза, берзата од Бања Лука и Сараево.